Logique médicale : si on parle de risque, on cherche à obtenir l'estimation la plus proche.

Pourquoi calculer le risque en génétique médicale ?

Le calcul de risque est gratuit, immédiat, apporte un argument quantitatif en faveur d'une impression. Le calcul permet de rassurer, d'orienter les investigations vers le plus probable. Il est nécessaire de hiérarchiser les évènements possibles.

L'analyse des mutations associées à un phénotype grave est bien prise en charge par les technologies contemporaines. Mais cela ne représente pas toute l'activité de génétique médicale. La raison d'être de la génétique formelle dans un cadre médical est de fournir les outils permettant d'évaluer les situations ambiguës. Ce n'est donc pas une stratégie qui entre en compétition avec le cadre standard de la génétique moléculaire, car elle s'adresse aux situations non résolues par l'approche moléculaire.

On peut ne pas avoir trouvé la mutation parce que cette mutation est inaccessible (par exemple : à distance des régions étudiées du gène), cachée (par exemple : mutation isosémantique) ou d'interprétation difficile (par exemple : mutation hypomorphe, mutation dans une séquence régulatrice); il est parfois difficile de séparer une mutation causale d'une variation neutre. Les variants de signification inconnue représentent l'un des enjeux de la génétique contemporaine.

On peut aussi ne pas avoir trouvé cette mutation parce qu'elle n'existe pas (exemple : formes familiales de cancer sans mutation majeure, mais avec un fond génétique important). Dans ce cas il est imposant d'avoir des éléments objectifs pour savoir où s'arrêter, et de savoir s'il est possible de rassurer partiellement les consultants.

Lorsque le consultant n'est pas un apparenté proche du malade, son risque peut être faible et une étude moléculaire non justifiée. Le calcul de risque permet alors sans frais et sans délai de donner une estimation du risque génétique adaptée au problème spécifique.

Comment faire ?

Les calculs simples avec un papier et un crayon ne sont pas recommandés, car ils demandent une forte pratique et un entraînement permanent pour être réellement utiles. De nombreux problèmes sont tout simplement trop compliqués pour être estimés par un calcul "au dos d'une enveloppe".

Il y a peu de de logiciels dédiés à la génétique formelle dans un cadre médical et ceux qui existent ne sont pas validés par une expertise indépendante, n'ont pas la documentation permettant une prise en main rapide et efficace. Un travail d'équipe est nécessaire, a priori international, car ces problèmes n'ont pas de frontières et les experts sont rares (triple compétence nécessaire: génétique + informatique +s tatistique) et le travail globalement couteux en temps de développement, en particulier si l'interface humaine est soignée comme cela est très recommandable.

Faut-il avoir peur de la génétique formelle ?

Il ne faut pas avoir peur de la génétique des populations, du calcul de risque, de l'analyse statistique. Ce ne sont que des outils, mais qui nous permettent d'aller aussi loin que possible dans notre devoir de maîtriser les hasards de la génétique médicale.

Rédigé par Marc Jeanpierre, 2011-2013